В соответствии с решением Правительства Кыргызской Республики в 1992 году АО «Карабалтинский горнорудный комбинат» (КГРК) построило «Аффинажный завод», на котором производится аффинаж всего добываемого из недр республики золота и серебра. Начиная с 1993 года, из-за малого объема добычи золота в республике, выпуск аффинированного золота составлял до 2 тонн в год.
В связи с вводом в эксплуатацию золоторудного месторождения Кумтор, являющегося не только одним из самых крупных месторождений в Кыргызской Республике, но и в мире, в 1996 году на аффинажном заводе была проведена реконструкция, в результате чего производственные мощности по выпуску золота в слитках были увеличены до 40 тонн в год. Кроме того, были внесены изменения в технологическую схему переработки золотосодержащего сырья, позволяющие перерабатывать сплав Доре с большим содержанием серебра.
В результате проведенной реконструкции завода был организован участок хлорирования сплава Доре, поставка которого с месторождения Кумтор началась с марта 1997 года.
В соответствии с Указом Президента КР «О мерах по дальнейшему развитию добычи и производства золота в КР» от 15 января 2001 года аффинажное и золоторудное производства были переданы в состав ОАО «Кыргызалтын».
В настоящее время филиал «Аффинажный завод» ОАО «Кыргызалтын» выпускает стандартные (банковские) слитки золота весом около 11-13 кг, мерные слитки золота весом 1000 грамм и 100 грамм высшей пробы — 999,9, стандартные серебряные слитки весом около 25 кг пробы 999.
Определение качества золота в готовых слитках проводится в Центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛ), входящей в состав КГРК. В марте 1998 года эта лаборатория получила аккредитацию в Национальной Британской Аккредитационной Службе (UKAS) на проведение аналитических анализов по сплаву Доре, и на сертификацию слитков: Золото в слитках — проба 999,9 , Серебро в слитках — проба 999.
Аффинажный завод имеет сертификат качества Лондонской Биржи Металлов «Good Delivery» с октября 1999 года, что ставит аффинажное производство в Кыргызской Республике в один ряд с лучшими мировыми производителями аффинированного золота. На сегодняшний день производственная мощность завода – 40 тонн золота в год. Совместные предприятия созданные ОАО «Кыргызалтын» для разработки месторождений Джеруй и Талды-Булак Левобережный, взяли обязательства перерабатывать добытый драгметалл на Аффинажном заводе ОАО «Кыргызалтын» .